fix: deduplicate gene_symbol in scoring to prevent non-canonical ID inflation

gene_universe contains 1,539 gene_symbols mapping to multiple Ensembl IDs (3,033 excess). Non-canonical IDs lack data in some evidence tables, causing weighted_sum/available_weight to inflate their composite scores. Fix: after scoring SQL, keep one row per gene_symbol with the most evidence_count (tiebreak by composite_score DESC). 22,604 → 19,555 genes. Results: HIGH 82→4, all top 20 now have 5-6 layers with expression data. Validation PASSED (CDH23 98.3rd percentile, median known gene 83.3%). Co-Authored-By: Claude Opus 4.6 <noreply@anthropic.com>
2026-02-16 10:02:32 +08:00
parent b151faa80a
commit a228a56984
10 changed files with 236 additions and 3192 deletions
--- a/data/report/candidates.parquet
+++ b/data/report/candidates.parquet
--- a/data/report/candidates.provenance.yaml
+++ b/data/report/candidates.provenance.yaml
@@ -1,12 +1,12 @@
-generated_at: '2026-02-15T21:49:14.608460+00:00'
+generated_at: '2026-02-16T01:59:18.621053+00:00'
 output_files:
 - candidates.tsv
 - candidates.parquet
 statistics:
-  total_candidates: 21177
-  high_count: 82
-  medium_count: 9626
-  low_count: 11469
+  total_candidates: 18243
+  high_count: 4
+  medium_count: 8051
+  low_count: 10188
 column_count: 22
 column_names:
 - gene_id
--- a/data/report/candidates.tsv
+++ b/data/report/candidates.tsv
--- a/data/report/plots/layer_contributions.png
+++ b/data/report/plots/layer_contributions.png
--- a/data/report/plots/score_distribution.png
+++ b/data/report/plots/score_distribution.png
--- a/data/report/plots/tier_breakdown.png
+++ b/data/report/plots/tier_breakdown.png
--- a/data/report/reproducibility.json
+++ b/data/report/reproducibility.json
@@ -1,6 +1,6 @@
 {
-  "run_id": "093b405b-5a20-4f35-b5b8-04f02451789d",
-  "timestamp": "2026-02-15T21:49:14.940206+00:00",
+  "run_id": "f5587e39-163b-418c-8ac2-593b47323f34",
+  "timestamp": "2026-02-16T01:59:18.969516+00:00",
  "pipeline_version": "0.1.0",
  "parameters": {
    "gnomad": 0.2,
@@ -49,9 +49,9 @@
  ],
  "validation_metrics": {},
  "tier_statistics": {
-    "total": 21177,
-    "high": 82,
-    "medium": 9626,
-    "low": 11469
+    "total": 18243,
+    "high": 4,
+    "medium": 8051,
+    "low": 10188
  }
 }
--- a/data/report/reproducibility.md
+++ b/data/report/reproducibility.md
@@ -1,7 +1,7 @@
 # Pipeline Reproducibility Report

-**Run ID:** `093b405b-5a20-4f35-b5b8-04f02451789d`
-**Timestamp:** 2026-02-15T21:49:14.940206+00:00
+**Run ID:** `f5587e39-163b-418c-8ac2-593b47323f34`
+**Timestamp:** 2026-02-16T01:59:18.969516+00:00
 **Pipeline Version:** 0.1.0

 ## Parameters
@@ -39,7 +39,7 @@

 ## Tier Statistics

- **Total Candidates:** 21177
- **HIGH:** 82
- **MEDIUM:** 9626
- **LOW:** 11469
+- **Total Candidates:** 18243
+- **HIGH:** 4
+- **MEDIUM:** 8051
+- **LOW:** 10188
--- a/data/report/top20_candidate_analysis.md
+++ b/data/report/top20_candidate_analysis.md
@@ -1,124 +1,60 @@
 # TOP 20 Usher 候選基因分析（完整 6 層證據）

 **Pipeline Version:** 0.1.0
-**Generated:** 2026-02-16 (v3 — gnomAD gene_symbol fallback 修正後)
+**Generated:** 2026-02-16 (v4 — gene_symbol deduplication 修正後)
 **Scoring Layers:** gnomAD constraint (0.20) + Expression (0.20) + Annotation (0.15) + Localization (0.15) + Animal Model (0.15) + Literature (0.15)
-**Coverage:** gnomAD 93.8% | Expression 99.3% | Annotation 99.3% | Localization 99.3% | Animal Model 99.3% | Literature 99.3%
-**Tier Statistics:** HIGH: 82 | MEDIUM: 9,626 | LOW: 11,469 | Total: 21,177 (18,328 unique gene_symbols)
+**Coverage:** gnomAD 91.5% | Expression 96.1% | Annotation 98.9% | Localization 66.1% | Animal Model 97.9% | Literature 100%
+**Tier Statistics:** HIGH: 4 | MEDIUM: 8,051 | LOW: 10,188 | Total: 18,243 (from 19,555 unique genes)

 ---

-## 方法論注意事項
+## v4 修正：gene_symbol 去重

-### 計分公式
-```
-composite_score = weighted_sum / available_weight
-```
-其中 `available_weight` 只計算有數據（非 NULL）的 evidence layer 權重。
+### 問題
+`gene_universe` 中 1,539 個 gene_symbol 對應多個 Ensembl ID（共 3,033 個多餘 ID）。非 canonical ID 在部分 evidence table 中缺少數據，因此只有 3 層但分數被 `weighted_sum/available_weight` 膨脹。例如：

-### 已知偏差
-只有 3 層數據的基因（如 gnomAD + annotation + literature），若每層分數都高，`composite_score` 會被膨脹（因為分母 `available_weight` 只有 0.50 而非 1.00）。因此本報告**同時呈現兩個排名**：
-1. **≥3 層 raw composite** — 數學上最高分，但可能包含 3 層膨脹的基因
-2. **≥4 層 balanced composite** — 更可靠的多證據支持排名
+| Gene | Ensembl ID | Layers | Score | 原因 |
+|------|-----------|--------|-------|------|
+| CACNA1C | ENSG00000285479 (non-canonical) | 3/6 | **0.8830** | 缺 expression/animal → 分母小 |
+| CACNA1C | ENSG00000151067 (canonical) | 5/6 | 0.6334 | 有完整數據 → 真實分數 |
+
+### 修正
+在 `compute_composite_scores()` 中，對每個 gene_symbol 保留 `evidence_count` 最多的 Ensembl ID（相同 evidence_count 取 composite_score 最高者）。去重後 22,604 → 19,555 genes。

 ---

-## Part A: Raw Top 20（≥3 Evidence Layers）
+## Top 20 候選基因總覽

-| Rank | Gene | Composite | Layers | gnomAD | Annotation | Literature | Expression | Localization |
-|------|------|-----------|--------|--------|------------|------------|------------|--------------|
-| 1 | CACNA1C | 0.8830 | 3/6 | 0.929 | 0.862 | 0.843 | — | — |
-| 2 | TNF | 0.8676 | 3/6 | 0.718 | 0.992 | 0.943 | — | — |
-| 3 | ZAP70 | 0.8214 | 3/6 | 0.740 | 0.861 | 0.890 | — | — |
-| 4 | COL11A2 | 0.8025 | 3/6 | 0.771 | 0.802 | 0.845 | — | — |
-| 5 | C4B | 0.7987 | 3/6 | 0.809 | 0.816 | 0.768 | — | — |
-| 6 | SLC2A4 | 0.7856 | 3/6 | 0.625 | 0.879 | 0.905 | — | — |
-| 7 | NDE1 | 0.7812 | 3/6 | 0.653 | 0.835 | 0.898 | — | — |
-| 8 | CRHR1 | 0.7762 | 3/6 | 0.686 | 0.830 | 0.844 | — | — |
-| 9 | **DLG5** | **0.7681** | **4/6** | 0.858 | 0.841 | 0.843 | — | 0.500 |
-| 10 | LTA | 0.7643 | 3/6 | 0.631 | 0.822 | 0.884 | — | — |
-| 11 | OTOA | 0.7588 | 3/6 | 0.743 | 0.713 | 0.826 | — | — |
-| 12 | **LRP6** | **0.7577** | **4/6** | 0.882 | 0.872 | 0.901 | 0.428 | — |
-| 13 | MICA | 0.7567 | 3/6 | 0.621 | 0.807 | 0.888 | — | — |
-| 14 | MUC2 | 0.7567 | 3/6 | 0.637 | 0.747 | 0.925 | — | — |
-| 15 | CNTNAP2 | 0.7512 | 3/6 | 0.652 | 0.848 | 0.787 | — | — |
-| 16 | GREM1 | 0.7492 | 3/6 | 0.583 | 0.870 | 0.851 | — | — |
-| 17 | C2 | 0.7455 | 3/6 | 0.556 | 0.804 | 0.939 | — | — |
-| 18 | STRA6 | 0.7453 | 3/6 | 0.654 | 0.833 | 0.779 | — | — |
-| 19 | PIWIL1 | 0.7447 | 3/6 | 0.640 | 0.831 | 0.798 | — | — |
-| 20 | TBCD | 0.7437 | 3/6 | 0.638 | 0.811 | 0.818 | — | — |
+| Rank | Gene | Composite | Layers | Tier | gnomAD | Expression | Annotation | Localization | Literature |
+|------|------|-----------|--------|------|--------|------------|------------|--------------|------------|
+| 1 | **PAFAH1B1** | **0.7414** | **6/6** | HIGH | 0.969 | 0.597 | 0.928 | 1.000 | 0.927 |
+| 2 | **DYNC1H1** | **0.7344** | **6/6** | HIGH | 0.966 | 0.648 | 0.843 | 1.000 | 0.902 |
+| 3 | **SMAD4** | **0.7227** | **6/6** | HIGH | 0.932 | 0.529 | 0.948 | 1.000 | 0.921 |
+| 4 | **DLG4** | **0.7116** | **5/6** | HIGH | 0.980 | 0.674 | 0.905 | — | 0.924 |
+| 5 | CRMP1 | 0.6888 | 6/6 | MED | 0.866 | 0.666 | 0.794 | 1.000 | 0.754 |
+| 6 | FGFR1 | 0.6857 | 5/6 | MED | 0.917 | 0.615 | 0.917 | — | 0.926 |
+| 7 | ATP1A3 | 0.6833 | 5/6 | MED | 0.940 | 0.680 | 0.851 | — | 0.860 |
+| 8 | ATP2B2 | 0.6832 | 5/6 | MED | 0.955 | 0.688 | 0.843 | — | 0.838 |
+| 9 | PKD1 | 0.6831 | 5/6 | MED | 0.836 | 0.685 | 0.913 | — | 0.930 |
+| 10 | ARL3 | 0.6826 | 6/6 | MED | 0.800 | 0.545 | 0.835 | 1.000 | 0.923 |
+| 11 | GRIA2 | 0.6810 | 5/6 | MED | 0.957 | 0.656 | 0.831 | — | 0.877 |
+| 12 | SNCA | 0.6810 | 5/6 | MED | 0.817 | 0.667 | 0.949 | — | 0.932 |
+| 13 | HDAC6 | 0.6801 | 5/6 | MED | — | 0.573 | 0.928 | 1.000 | 0.934 |
+| 14 | VAMP2 | 0.6786 | 5/6 | MED | 0.930 | 0.669 | 0.875 | — | 0.838 |
+| 15 | MAPRE3 | 0.6769 | 5/6 | MED | 0.948 | 0.662 | 0.807 | — | 0.883 |
+| 16 | ATP1B1 | 0.6754 | 5/6 | MED | 0.923 | 0.662 | 0.893 | — | 0.744 |
+| 17 | ANP32A | 0.6743 | 6/6 | MED | 0.947 | 0.618 | 0.765 | 1.000 | 0.644 |
+| 18 | ATP1A1 | 0.6741 | 5/6 | MED | 0.937 | 0.662 | 0.897 | — | 0.792 |
+| 19 | SCN2A | 0.6733 | 5/6 | MED | 0.938 | 0.670 | 0.814 | — | 0.859 |
+| 20 | VEGFA | 0.6722 | 5/6 | MED | 0.951 | 0.473 | 0.968 | — | 0.942 |

-> **觀察:** 20 基因中有 18 個只有 3 層（gnomAD + annotation + literature），缺少 expression、localization、animal model。分數膨脹效應明顯。生物意義上需以 Part B 為主要參考。
-
-### Raw Top 20 中值得注意的基因
-
- **NDE1** (#7): 雖然只有 3 層，但 NDE1 是 dynein 調控因子，12 篇纖毛文獻，5 篇直接實驗。與 PAFAH1B1/LIS1 功能相關（共同調控 cortical neuronal migration via dynein）。LOEUF=0.851 中度 constrained。
- **OTOA** (#11): Otoancorin，45 篇感覺系統文獻，在耳蝸 tectorial membrane attachment 有已知功能。與聽力損失高度相關。
- **STRA6** (#18): 視黃醇受體，29 篇感覺文獻。STRA6 突變致 Matthew-Wood syndrome（眼睛發育異常），與視網膜功能直接相關。
- **TBCD** (#20): Tubulin folding cofactor D，參與微管動態。Cerebellum 38.2 TPM，有纖毛功能潛力。
+> **觀察:** 去重後 top 20 **全部有 5-6 層 evidence**，expression 層不再缺失。前 4 名（PAFAH1B1、DYNC1H1、SMAD4、DLG4）全是 LoF-intolerant 基因且有 centrosome/sensory 相關定位或文獻。

 ---

-## Part B: Balanced Top 20（≥4 Evidence Layers）— 主要分析
+## 逐基因詳細分析

-| Rank | Gene | Composite | Layers | gnomAD | Expr | Annot | Local | Animal | Lit |
-|------|------|-----------|--------|--------|------|-------|-------|--------|-----|
-| 1 | DLG5 | 0.7681 | 4/6 | 0.858 | — | 0.841 | 0.500 | — | 0.843 |
-| 2 | LRP6 | 0.7577 | 4/6 | 0.882 | 0.428 | 0.872 | — | — | 0.901 |
-| 3 | **PAFAH1B1** | **0.7414** | **6/6** | 0.969 | 0.597 | 0.832 | 1.000 | 0.000 | 0.927 |
-| 4 | CHRNA7 | 0.7394 | 4/6 | 0.477 | 0.436 | 0.866 | — | — | 0.895 |
-| 5 | **DYNC1H1** | **0.7344** | **6/6** | 0.960 | 0.648 | 0.834 | 1.000 | 0.000 | 0.902 |
-| 6 | **SMAD4** | **0.7227** | **6/6** | 0.904 | 0.529 | 0.897 | 1.000 | 0.000 | 0.921 |
-| 7 | DLG4 | 0.7116 | 5/6 | 0.935 | 0.674 | 0.857 | — | 0.000 | 0.924 |
-| 8 | CETN2 | 0.7006 | 4/6 | — | 0.396 | 0.828 | 1.000 | — | 0.888 |
-| 9 | DLL1 | 0.6914 | 4/6 | 0.899 | 0.280 | 0.865 | 0.000 | — | 0.875 |
-| 10 | **CRMP1** | **0.6888** | **6/6** | 0.795 | 0.666 | 0.767 | 1.000 | 0.000 | 0.754 |
-| 11 | FGFR1 | 0.6857 | 5/6 | 0.874 | 0.615 | 0.888 | — | 0.000 | 0.926 |
-| 12 | ATP1A3 | 0.6833 | 5/6 | 0.911 | 0.680 | 0.816 | — | 0.000 | 0.860 |
-| 13 | **ATP2B2** | **0.6832** | **5/6** | 0.923 | 0.688 | 0.826 | — | 0.000 | 0.838 |
-| 14 | PKD1 | 0.6831 | 5/6 | 0.836 | 0.685 | 0.876 | — | 0.000 | 0.930 |
-| 15 | **ARL3** | **0.6826** | **6/6** | 0.736 | 0.545 | 0.804 | 1.000 | 0.000 | 0.923 |
-| 16 | GRIA2 | 0.6810 | 5/6 | 0.957 | 0.656 | 0.853 | — | 0.000 | 0.877 |
-| 17 | SNCA | 0.6810 | 5/6 | 0.667 | 0.667 | 0.857 | — | 0.000 | 0.932 |
-| 18 | HDAC6 | 0.6801 | 5/6 | — | 0.573 | 0.887 | 1.000 | 0.000 | 0.934 |
-| 19 | VAMP2 | 0.6786 | 5/6 | 0.844 | 0.669 | 0.864 | — | 0.000 | 0.838 |
-| 20 | TRIM71 | 0.6771 | 4/6 | 0.880 | 0.113 | 0.867 | 0.300 | — | 0.632 |
-
---
-
-## 逐基因詳細分析（Part B 排序）
-
-### #1 — DLG5（Discs Large 5）
-
-| 指標 | 值 |
-|------|------|
-| Composite | 0.7681 |
-| Evidence layers | 4/6 (gnomAD + annotation + localization + literature) |
-| gnomAD | LOEUF=0.333 (norm=0.858) — **高度 LoF intolerant**, pLI=1.000 |
-| Expression | GTEx cerebellum=15.1 TPM, testis=18.6 TPM; enrichment=0.70 (未計入 scoring) |
-| Localization | HPA: **Cell Junctions**; proximity=0.500 |
-| Literature | 168 篇; cilia=3, sensory=2, polarity=**17**, direct_exp=2; tier=direct_experimental |
-
-**解讀:** DLG5 是 Scribble 極性複合物相關蛋白，調控 apicobasal polarity 和 cell junction 形成。Planar cell polarity (PCP) 信號是耳蝸毛細胞 stereocilia bundle 正確排列的關鍵。DLG5 突變小鼠有 neural tube defect。Cell junction 定位暗示其在感覺上皮 tight junction 維持中的角色。
-
---
-
-### #2 — LRP6（Wnt Co-receptor）
-
-| 指標 | 值 |
-|------|------|
-| Composite | 0.7577 |
-| Evidence layers | 4/6 (gnomAD + expression + annotation + literature) |
-| gnomAD | LOEUF=0.270 (norm=0.882) — **高度 constrained**, pLI=1.000 |
-| Expression | GTEx cerebellum=11.1 TPM, testis=7.8 TPM; enrichment=0.90; norm=0.428 |
-| Localization | 無 HPA 定位數據 |
-| Literature | 1,557 篇; cilia=13, sensory=35, polarity=**44**, direct_exp=3; tier=direct_experimental |
-
-**解讀:** LRP6 是 canonical Wnt 信號的共受體。**Wnt/PCP 信號通路對耳蝸毛細胞的平面細胞極性（stereocilia bundle 朝向）至關重要。** Wnt 信號也參與 ciliogenesis 調控。44 篇 polarity 文獻中有部分涉及 cochlear convergent extension。高度 constrained + 纖毛/感覺文獻使其成為值得深入研究的候選。
-
---
-
-### #3 — PAFAH1B1 / LIS1（Dynein 調控因子）⭐
+### #1 — PAFAH1B1 / LIS1（Dynein 調控因子）⭐

 | 指標 | 值 |
 |------|------|
@@ -127,165 +63,114 @@ composite_score = weighted_sum / available_weight
 | gnomAD | LOEUF=0.100 (norm=0.969) — **極度 LoF intolerant (top 1%)**, pLI=1.000 |
 | Expression | GTEx cerebellum=131.0 TPM; enrichment=1.17; norm=0.597 |
 | Localization | HPA: **Centrosome**; proximity=1.000 |
-| Animal Model | Mouse: Pafah1b1, Zebrafish: pafah1b1b (phenotype score=0) |
 | Literature | 496 篇; cilia=4, sensory=3, direct_exp=4, cyto=424; tier=direct_experimental |

-**解讀:** LIS1 是 cytoplasmic dynein 的關鍵調控因子，控制微管 minus-end transport。Dynein 負責 IFT（intraflagellar transport）逆行運輸，是纖毛維持的核心機制。LIS1 突變致 lissencephaly（無腦回畸形），極度 LoF intolerant 表明該基因不可或缺。與 Usher 的連結在於 **dynein transport 對感覺纖毛（photoreceptor connecting cilium、stereocilia kinocilium）至關重要**。6/6 全層 evidence 中 centrosome 定位尤為關鍵。
+**解讀:** LIS1 是 cytoplasmic dynein 的關鍵調控因子，控制微管 minus-end transport。Dynein 負責 IFT（intraflagellar transport）逆行運輸，是纖毛維持的核心機制。LIS1 突變致 lissencephaly（無腦回畸形），極度 LoF intolerant。與 Usher 的連結：**dynein transport 對感覺纖毛（photoreceptor connecting cilium、stereocilia kinocilium）至關重要**。

 ---

-### #4 — CHRNA7（菸鹼型乙醯膽鹼受體 α7）
-
-| 指標 | 值 |
-|------|------|
-| Composite | 0.7394 |
-| Evidence layers | 4/6 (gnomAD + expression + annotation + literature) |
-| gnomAD | LOEUF=1.064 (norm=0.477) — 不 constrained |
-| Expression | GTEx cerebellum=0.09 TPM (低); enrichment=1.27; norm=0.436 |
-| Localization | 無 HPA 定位數據 |
-| Literature | 2,051 篇; cilia=8, sensory=21, hts=21; tier=direct_experimental |
-
-**解讀:** CHRNA7 在 cochlear efferent 突觸和聽覺通路中有角色。分數偏高主要因 annotation (0.866) + literature (0.895) 都高。gnomAD 不 constrained 降低了其作為 essential gene 的可能性。缺少 localization 數據。優先級中等。
-
---
-
-### #5 — DYNC1H1（Cytoplasmic Dynein 重鏈）⭐
+### #2 — DYNC1H1（Cytoplasmic Dynein 重鏈）⭐

 | 指標 | 值 |
 |------|------|
 | Composite | 0.7344 |
 | Evidence layers | **6/6 全層** |
-| gnomAD | LOEUF=0.117 (norm=0.960) — **極度 LoF intolerant**, pLI=1.000 |
+| gnomAD | LOEUF=0.117 (norm=0.966) — **極度 LoF intolerant**, pLI=1.000 |
 | Expression | GTEx cerebellum=129.1 TPM; enrichment=1.68; norm=0.648 |
 | Localization | HPA: **Centrosome + Cytosol**; proximity=1.000 |
-| Animal Model | Mouse: Dync1h1, Zebrafish: dync1h1 (phenotype score=0) |
 | Literature | 211 篇; cilia=10, sensory=9, direct_exp=6; tier=direct_experimental |

-**解讀:** Dynein 重鏈——分子馬達的催化核心。驅動 IFT retrograde transport 和中心粒遷移。DYNC1H1 突變導致 cortical malformation 和 spinal muscular atrophy。**纖毛中 dynein 運輸缺陷是多種 ciliopathy 的核心病理，連結 photoreceptor disc renewal 和 hair cell 功能。** 10 篇纖毛文獻 + 9 篇感覺文獻在總 211 篇中比例很高（9%）。
+**解讀:** Dynein 重鏈——分子馬達的催化核心。驅動 IFT retrograde transport 和中心粒遷移。DYNC1H1 突變導致 cortical malformation 和 spinal muscular atrophy。**纖毛中 dynein 運輸缺陷是多種 ciliopathy 的核心病理，連結 photoreceptor disc renewal 和 hair cell 功能。** 10 篇纖毛 + 9 篇感覺文獻在 211 篇中占 9%。

 ---

-### #6 — SMAD4（TGF-β/BMP 核心轉錄因子）⭐
+### #3 — SMAD4（TGF-β/BMP 核心轉錄因子）⭐

 | 指標 | 值 |
 |------|------|
 | Composite | 0.7227 |
 | Evidence layers | **6/6 全層** |
-| gnomAD | LOEUF=0.227 (norm=0.904) — **高度 LoF intolerant**, pLI=1.000 |
+| gnomAD | LOEUF=0.227 (norm=0.932) — **高度 LoF intolerant**, pLI=1.000 |
 | Expression | GTEx cerebellum=28.8 TPM; enrichment=1.10; norm=0.529 |
 | Localization | HPA: Cytosol + Nucleoplasm + **Centrosome**; proximity=1.000 |
-| Animal Model | Mouse: Smad4, Zebrafish: smad4a (phenotype score=0) |
 | Literature | 6,577 篇; cilia=6, sensory=78, polarity=49; tier=direct_experimental |

-**解讀:** TGF-β/BMP 信號通路的核心介導者。BMP signaling 在耳蝸發育中調控 hair cell 分化和 stereocilia polarity。SMAD4 也參與 cilia-dependent Hedgehog signaling。Centrosome 定位 + 高度 constrained + 6/6 全層 evidence 支持其在纖毛功能中的角色。
+**解讀:** TGF-β/BMP 信號通路的核心介導者。BMP signaling 在耳蝸發育中調控 hair cell 分化和 stereocilia polarity。SMAD4 也參與 cilia-dependent Hedgehog signaling。Centrosome 定位 + 高度 constrained + 6/6 全層 evidence。

 ---

-### #7 — DLG4 / PSD-95（突觸後密度蛋白）⭐
+### #4 — DLG4 / PSD-95（突觸後密度蛋白）⭐

 | 指標 | 值 |
 |------|------|
 | Composite | 0.7116 |
 | Evidence layers | 5/6 (缺 localization) |
-| gnomAD | LOEUF=0.166 (norm=0.935) — **極度 LoF intolerant**, pLI=1.000 |
+| gnomAD | LOEUF=0.166 (norm=0.980) — **極度 LoF intolerant**, pLI=1.000 |
 | Expression | GTEx cerebellum=**224.5 TPM** (極高); enrichment=**2.24**; norm=0.674 |
-| Localization | 無 HPA 定位數據 |
-| Animal Model | Mouse: Dlg4, Zebrafish: dlg4a (phenotype score=0) |
 | Literature | 2,000 篇; sensory=**57**, cyto=319, polarity=27; tier=direct_experimental |

-**解讀:** DLG4/PSD-95 是感覺神經元突觸的核心支架蛋白。在 photoreceptor ribbon synapse 和 hair cell afferent synapse 中表達。其極度 LoF intolerance + 極高的 cerebellum 表達 + 大量感覺文獻，使其成為感覺突觸傳遞缺陷角度的重要候選。
+**解讀:** DLG4/PSD-95 是感覺神經元突觸的核心支架蛋白。在 photoreceptor ribbon synapse 和 hair cell afferent synapse 中表達。極度 LoF intolerance + 極高 cerebellum 表達 + 大量感覺文獻。

 ---

-### #8 — CETN2（Centrin-2）
-
-| 指標 | 值 |
-|------|------|
-| Composite | 0.7006 |
-| Evidence layers | 4/6 (expression + annotation + localization + literature，缺 gnomAD) |
-| gnomAD | 無數據（gnomAD v4.1 中此基因缺失） |
-| Expression | GTEx cerebellum=27.2 TPM, testis=40.5 TPM; enrichment=0.56; norm=0.396 |
-| Localization | HPA: **Centrosome** + Cytosol + Nucleoplasm; proximity=1.000 |
-| Literature | 110 篇 (under-studied); cilia=**17**, sensory=8, direct_exp=**11**; tier=direct_experimental |
-
-**解讀:** Centrin-2 是中心粒複製必需的 Ca²⁺-binding protein。在 connecting cilium 和 photoreceptor basal body 有表達。同家族 **CETN3 已與 ciliopathy 有關連**。110 篇中 17 篇纖毛文獻（15.5%）— truly under-studied 且纖毛比例極高。
-
---
-
-### #9 — DLL1（Delta-like 1, Notch Ligand）
-
-| 指標 | 值 |
-|------|------|
-| Composite | 0.6914 |
-| Evidence layers | 4/6 (gnomAD + annotation + localization + literature) |
-| gnomAD | LOEUF=0.236 (norm=0.899) — **高度 LoF intolerant**, pLI=1.000 |
-| Expression | GTEx cerebellum=4.6 TPM; enrichment=0.43; norm=0.280 (未進入 scoring) |
-| Localization | HPA: Plasma membrane; proximity=0.000 |
-| Literature | 751 篇; cilia=8, sensory=26, polarity=8, direct_exp=4; tier=direct_experimental |
-
-**解讀:** Notch signaling 在 inner ear hair cell 命運決定中是關鍵通路。DLL1 作為 Notch ligand，調控 lateral inhibition（決定 hair cell vs supporting cell）。高度 constrained + 26 篇感覺文獻。Notch-cilia 互動近年有報導。
-
---
-
-### #10 — CRMP1（Collapsin Response Mediator 1）⭐
+### #5 — CRMP1（Collapsin Response Mediator 1）⭐

 | 指標 | 值 |
 |------|------|
 | Composite | 0.6888 |
 | Evidence layers | **6/6 全層** |
-| gnomAD | LOEUF=0.440 (norm=0.795) — 中高度 constrained, pLI=1.000 |
-| Expression | GTEx cerebellum=**95.3 TPM** (高); enrichment=**2.43** (Usher 組織明顯富集); norm=0.666 |
+| gnomAD | LOEUF=0.440 (norm=0.866) — 中高度 constrained, pLI=1.000 |
+| Expression | GTEx cerebellum=**95.3 TPM**; enrichment=**2.43** (Usher 組織明顯富集); norm=0.666 |
 | Localization | HPA: **Centrosome + Cytosol**; proximity=1.000 |
-| Animal Model | Mouse: Crmp1, Zebrafish: crmp1 (phenotype score=0) |
 | Literature | 178 篇; sensory=6, cyto=33; tier=hts_hit |

-**解讀:** CRMP1 參與微管組裝和 axon guidance，在感覺神經元高度表達。Cerebellum enrichment 極高（2.43）。雖然纖毛文獻不多，但其在微管動態和感覺神經元發育中的角色，加上 centrosome 定位和全 6 層 evidence，使其成為有潛力的 under-studied 候選。
+**解讀:** CRMP1 參與微管組裝和 axon guidance，在感覺神經元高度表達。Cerebellum enrichment 極高（2.43）。Centrosome 定位 + 全 6 層 evidence。Under-studied（僅 178 篇）。

 ---

-### #11 — FGFR1（FGF Receptor 1）
+### #6 — FGFR1（FGF Receptor 1）

 | 指標 | 值 |
 |------|------|
 | Composite | 0.6857 |
 | Evidence layers | 5/6 (缺 localization) |
-| gnomAD | LOEUF=0.285 (norm=0.874) — **高度 LoF intolerant**, pLI=1.000 |
+| gnomAD | LOEUF=0.285 (norm=0.917) — **高度 LoF intolerant**, pLI=1.000 |
 | Expression | GTEx cerebellum=121.6 TPM; enrichment=1.31; norm=0.615 |
 | Literature | 6,129 篇; cilia=35, sensory=**132**, direct_exp=8; tier=direct_experimental |

-**解讀:** FGF 信號在耳蝸發育中調控 otic vesicle patterning 和 hair cell 分化。FGFR1 也參與 ciliogenesis 調控。132 篇感覺文獻 + 35 篇纖毛文獻是非纖毛基因中很高的數字。
+**解讀:** FGF 信號在耳蝸發育中調控 otic vesicle patterning 和 hair cell 分化。132 篇感覺 + 35 篇纖毛文獻。

 ---

-### #12 — ATP1A3（Na⁺/K⁺ ATPase α3）
+### #7 — ATP1A3（Na⁺/K⁺ ATPase α3）

 | 指標 | 值 |
 |------|------|
 | Composite | 0.6833 |
 | Evidence layers | 5/6 (缺 localization) |
-| gnomAD | LOEUF=0.214 (norm=0.911) — **高度 LoF intolerant**, pLI=1.000 |
+| gnomAD | LOEUF=0.214 (norm=0.940) — **高度 LoF intolerant**, pLI=1.000 |
 | Expression | GTEx cerebellum=**346.3 TPM** (極高); enrichment=**2.40**; norm=0.680 |
 | Literature | 527 篇; sensory=**78**; tier=hts_hit |

-**解讀:** 神經元 Na⁺/K⁺ pump。ATP1A3 突變致 alternating hemiplegia of childhood 和 rapid-onset dystonia-parkinsonism，部分患者伴有**聽力損失**。在耳蝸 stria vascularis 高表達，維持 endolymph 離子梯度（聽覺轉導必需）。
+**解讀:** 神經元 Na⁺/K⁺ pump。ATP1A3 突變致 alternating hemiplegia + rapid-onset dystonia-parkinsonism，部分患者伴有**聽力損失**。在耳蝸 stria vascularis 高表達，維持 endolymph 離子梯度（聽覺轉導必需）。

 ---

-### #13 — ATP2B2（Plasma Membrane Ca²⁺ ATPase 2）⭐
+### #8 — ATP2B2（Plasma Membrane Ca²⁺ ATPase 2）⭐

 | 指標 | 值 |
 |------|------|
 | Composite | 0.6832 |
 | Evidence layers | 5/6 (缺 localization) |
-| gnomAD | LOEUF=0.190 (norm=0.923) — **極度 LoF intolerant**, pLI=1.000 |
+| gnomAD | LOEUF=0.190 (norm=0.955) — **極度 LoF intolerant**, pLI=1.000 |
 | Expression | GTEx cerebellum=**164.7 TPM**; enrichment=**2.92** (最高之一); norm=0.688 |
 | Literature | 180 篇; sensory=**54**; tier=hts_hit |

-**解讀:** ATP2B2 是 Ca²⁺ extrusion pump。**Atp2b2 突變 (deafwaddler) 小鼠完全失聰** — 在耳蝸毛細胞 stereocilia 頂端高度表達，負責 mechanotransduction 後的 Ca²⁺ 排出。極度 constrained + 最高 Usher tissue enrichment 之一（2.92）。**如果此基因確認參與 Usher 通路，將直接連結 stereocilia Ca²⁺ homeostasis 與視聽退化。**
+**解讀:** ATP2B2 是 Ca²⁺ extrusion pump。**Atp2b2 突變 (deafwaddler) 小鼠完全失聰** — 在耳蝸毛細胞 stereocilia 頂端高度表達，負責 mechanotransduction 後 Ca²⁺ 排出。極度 constrained + 最高 Usher tissue enrichment 之一（2.92）。**直接連結 stereocilia Ca²⁺ homeostasis 與聽力。**

 ---

-### #14 — PKD1 / Polycystin-1（已知 Ciliopathy 基因 — 陽性對照）
+### #9 — PKD1 / Polycystin-1（已知 Ciliopathy 基因 — 陽性對照）

 | 指標 | 值 |
 |------|------|
@@ -295,27 +180,26 @@ composite_score = weighted_sum / available_weight
 | Expression | GTEx cerebellum=**577.2 TPM** (極高); enrichment=**2.54**; norm=0.685 |
 | Literature | 2,521 篇; cilia=**242**, sensory=19, direct_exp=**201**; tier=direct_experimental |

-**解讀:** **已知 ciliopathy 基因** — PKD1 突變致 autosomal dominant polycystic kidney disease。Polycystin-1 是 primary cilia 上的機械感受器。242 篇纖毛文獻、201 篇直接實驗。Pipeline 正確排名高位，作為**陽性對照**驗證 scoring 系統有效。
+**解讀:** **已知 ciliopathy 基因** — PKD1 突變致 ADPKD。Polycystin-1 是 primary cilia 上的機械感受器。242 篇纖毛文獻。Pipeline 正確排名 top 10，驗證 scoring 系統有效。

 ---

-### #15 — ARL3（ADP-Ribosylation Factor-like 3）⭐ NEW
+### #10 — ARL3（ADP-Ribosylation Factor-like 3）⭐

 | 指標 | 值 |
 |------|------|
 | Composite | 0.6826 |
 | Evidence layers | **6/6 全層** |
-| gnomAD | LOEUF=0.557 (norm=0.736), pLI=0.930 |
+| gnomAD | LOEUF=0.557 (norm=0.800), pLI=0.930 |
 | Expression | GTEx cerebellum=51.7 TPM; enrichment=1.04; norm=0.545 |
 | Localization | HPA: **Centrosome + Nucleoplasm**; proximity=1.000 |
-| Animal Model | Mouse: Arl3, Zebrafish: arl3l1 (phenotype score=0) |
 | Literature | 169 篇; cilia=**88**, sensory=**49**, direct_exp=**45**; tier=direct_experimental |

-**解讀:** ARL3 是 **已確認的纖毛信號蛋白**，調控 ciliary protein trafficking（與 RP2/UNC119 組成 lipidated cargo release 複合物）。169 篇中 88 篇纖毛文獻（**52%**）和 49 篇感覺文獻（**29%**）— 在所有候選基因中纖毛相關比例最高。ARL3 突變在小鼠致 retinal degeneration 和 ciliopathy。**此基因可能是真正的 Usher-adjacent ciliopathy 候選基因，值得最高優先研究。**
+**解讀:** ARL3 是**已確認的纖毛信號蛋白**，調控 ciliary protein trafficking（與 RP2/UNC119 組成 lipidated cargo release 複合物）。169 篇中 88 篇纖毛文獻（**52%**）和 49 篇感覺文獻（**29%**）— 在所有候選基因中纖毛相關比例最高。ARL3 突變在小鼠致 retinal degeneration。**真正的 Usher-adjacent ciliopathy 候選基因。**

 ---

-### #16 — GRIA2（Glutamate Receptor, AMPA 2）
+### #11 — GRIA2（Glutamate Receptor, AMPA 2）

 | 指標 | 值 |
 |------|------|
@@ -325,127 +209,182 @@ composite_score = weighted_sum / available_weight
 | Expression | GTEx cerebellum=74.4 TPM; enrichment=**2.29**; norm=0.656 |
 | Literature | 1,758 篇; sensory=**87**; tier=hts_hit |

-**解讀:** GRIA2 是 AMPA receptor 核心亞單位。在 cochlear nucleus 和 auditory pathway 大量表達。Hair cell afferent synapse 使用 glutamatergic transmission。極度 LoF intolerant。
+**解讀:** AMPA receptor 核心亞單位。在 cochlear nucleus 和 auditory pathway 大量表達。Hair cell afferent synapse 使用 glutamatergic transmission。極度 LoF intolerant。

 ---

-### #17 — SNCA（α-Synuclein）
+### #12 — SNCA（α-Synuclein）

 | 指標 | 值 |
 |------|------|
 | Composite | 0.6810 |
 | Evidence layers | 5/6 (缺 localization) |
-| gnomAD | LOEUF=0.691 (norm=0.667) |
+| gnomAD | LOEUF=0.691 (norm=0.817) |
 | Expression | GTEx cerebellum=73.9 TPM; enrichment=**2.74**; norm=0.667 |
-| Literature | 4,084 篇; sensory=28, cyto=734, HTS=157; tier=direct_experimental |
+| Literature | 4,084 篇; sensory=28, cyto=734; tier=direct_experimental |

-**解讀:** Parkinson disease 相關蛋白。SNCA 在 synaptic vesicle 循環和 cytoskeleton 動態有角色。近年發現 synuclein 與 cilia 有交互作用。Cerebellum 高表達，但主要文獻集中在 neurodegeneration 而非 ciliopathy。
+**解讀:** Parkinson disease 相關蛋白。SNCA 在 synaptic vesicle 循環和 cytoskeleton 動態有角色。Cerebellum 高表達。主要文獻集中在 neurodegeneration。

 ---

-### #18 — HDAC6（Histone Deacetylase 6）⭐ NEW
+### #13 — HDAC6（Histone Deacetylase 6）⭐

 | 指標 | 值 |
 |------|------|
 | Composite | 0.6801 |
 | Evidence layers | 5/6 (缺 gnomAD) |
-| gnomAD | 無數據 |
+| gnomAD | 無數據（可能因位於 chrX） |
 | Expression | GTEx cerebellum=92.0 TPM; enrichment=1.08; norm=0.573 |
 | Localization | HPA: Cytosol + Nucleoplasm + **Centrosome**; proximity=1.000 |
-| Literature | 2,915 篇; cilia=**119**, sensory=36, direct_exp=40, cyto=**605**; tier=direct_experimental |
+| Literature | 2,915 篇; cilia=**119**, sensory=36, direct_exp=40, cyto=605; tier=direct_experimental |

-**解讀:** HDAC6 是**已知的 ciliogenesis 調控因子**。它 deacetylates α-tubulin，調控 cilia disassembly。HDAC6 抑制劑（如 tubastatin A）可以**穩定纖毛**。119 篇纖毛文獻 + centrosome 定位。在 ciliopathy 治療研究中是重要靶點。其缺少 gnomAD 數據可能因位於 chrX 而非常染色體。
+**解讀:** HDAC6 是**已知的 ciliogenesis 調控因子**。它 deacetylates α-tubulin，調控 cilia disassembly。HDAC6 抑制劑（如 tubastatin A）可以**穩定纖毛**。119 篇纖毛文獻 + centrosome 定位。在 ciliopathy 治療研究中是重要靶點。

 ---

-### #19 — VAMP2（Synaptobrevin-2）
+### #14 — VAMP2（Synaptobrevin-2）

 | 指標 | 值 |
 |------|------|
 | Composite | 0.6786 |
 | Evidence layers | 5/6 (缺 localization) |
-| gnomAD | LOEUF=0.345 (norm=0.844) — **高度 constrained**, pLI=0.997 |
+| gnomAD | LOEUF=0.345 (norm=0.930) — **高度 constrained**, pLI=0.997 |
 | Expression | GTEx cerebellum=**500.5 TPM** (極高); enrichment=**1.96**; norm=0.669 |
-| Literature | 1,286 篇; sensory=24, cyto=115, polarity=13; tier=hts_hit |
+| Literature | 1,286 篇; sensory=24, cyto=115; tier=hts_hit |

-**解讀:** Synaptobrevin-2 是 SNARE 複合物核心成員，驅動 synaptic vesicle exocytosis。在 hair cell ribbon synapse 和 photoreceptor synapse 中有關鍵功能。極高的 cerebellum 表達（500 TPM）。
+**解讀:** SNARE 複合物核心成員，驅動 synaptic vesicle exocytosis。在 hair cell ribbon synapse 和 photoreceptor synapse 中有關鍵功能。極高 cerebellum 表達（500 TPM）。

 ---

-### #20 — TRIM71（Tripartite Motif Containing 71）
+### #15 — MAPRE3 / EB3（Microtubule End-Binding Protein 3）

 | 指標 | 值 |
 |------|------|
-| Composite | 0.6771 |
-| Evidence layers | 4/6 (gnomAD + annotation + localization + literature) |
-| gnomAD | LOEUF=0.275 (norm=0.880) — **高度 LoF intolerant**, pLI=1.000 |
-| Expression | GTEx cerebellum=0.08 TPM (極低); enrichment=0.03; norm=0.113 |
-| Localization | HPA: Actin filaments + Focal adhesion sites + Plasma membrane; proximity=0.300 |
-| Literature | 100 篇; cilia=1, sensory=5; tier=hts_hit |
+| Composite | 0.6769 |
+| Evidence layers | 5/6 (缺 localization) |
+| gnomAD | LOEUF=0.163 (norm=0.948) — **極度 LoF intolerant**, pLI=1.000 |
+| Expression | GTEx cerebellum=**214.6 TPM** (極高); enrichment=**1.87**; norm=0.662 |
+| Literature | 81 篇 (under-studied); cilia=3, sensory=1, cyto=67, direct_exp=2; tier=direct_experimental |

-**解讀:** TRIM71 是 RNA-binding protein，參與 miRNA 通路和幹細胞分化。高度 constrained 但表達極低且纖毛/感覺文獻很少。排名偏高可能因 annotation score 驅動。優先級較低。
+**解讀:** EB3 追蹤生長中的微管 plus-end，參與 cilia formation 和 axon guidance。極度 LoF intolerant + 極高 cerebellum 表達。僅 81 篇文獻 — truly under-studied。微管動態是 ciliogenesis 的基礎。
+
+---
+
+### #16 — ATP1B1（Na⁺/K⁺ ATPase β1 亞單位）
+
+| 指標 | 值 |
+|------|------|
+| Composite | 0.6754 |
+| Evidence layers | 5/6 (缺 localization) |
+| gnomAD | LOEUF=0.195 (norm=0.923) — **高度 LoF intolerant**, pLI=1.000 |
+| Expression | GTEx cerebellum=**211.4 TPM**; enrichment=**1.90**; norm=0.662 |
+| Literature | 233 篇; sensory=7; tier=hts_hit |
+
+**解讀:** Na⁺/K⁺ ATPase 的 β1 亞單位，與 ATP1A3 (#7) 和 ATP1A1 (#18) 形成功能複合物。在 stria vascularis 維持 endolymph K⁺ 濃度。聽覺轉導依賴此離子梯度。
+
+---
+
+### #17 — ANP32A（Acidic Nuclear Phosphoprotein 32A）
+
+| 指標 | 值 |
+|------|------|
+| Composite | 0.6743 |
+| Evidence layers | **6/6 全層** |
+| gnomAD | LOEUF=0.143 (norm=0.947) — **極度 LoF intolerant**, pLI=1.000 |
+| Expression | GTEx cerebellum=55.8 TPM; enrichment=1.57; norm=0.618 |
+| Localization | HPA: Nucleoplasm + **Centrosome** + Cytosol; proximity=1.000 |
+| Literature | 203 篇; cilia=0, sensory=1; tier=hts_hit |
+
+**解讀:** Histone chaperone 和 phosphatase inhibitor。Centrosome 定位有趣但纖毛/感覺文獻極少。極度 LoF intolerant 表明功能重要，但與 Usher/ciliopathy 的連結不明確。
+
+---
+
+### #18 — ATP1A1（Na⁺/K⁺ ATPase α1）
+
+| 指標 | 值 |
+|------|------|
+| Composite | 0.6741 |
+| Evidence layers | 5/6 (缺 localization) |
+| gnomAD | LOEUF=0.188 (norm=0.937) — **高度 LoF intolerant**, pLI=1.000 |
+| Expression | GTEx cerebellum=**374.6 TPM** (極高); enrichment=**1.79**; norm=0.662 |
+| Literature | 667 篇; sensory=20; tier=hts_hit |
+
+**解讀:** Na⁺/K⁺ ATPase 的 ubiquitous α 亞單位。與 ATP1A3 (#7) 和 ATP1B1 (#16) 形成 Na⁺/K⁺ pump 系統。Stria vascularis endolymph homeostasis 核心。
+
+---
+
+### #19 — SCN2A（Voltage-Gated Sodium Channel α2）
+
+| 指標 | 值 |
+|------|------|
+| Composite | 0.6733 |
+| Evidence layers | 5/6 (缺 localization) |
+| gnomAD | LOEUF=0.161 (norm=0.938) — **極度 LoF intolerant**, pLI=1.000 |
+| Expression | GTEx cerebellum=65.2 TPM; enrichment=**2.97** (最高); norm=0.670 |
+| Literature | 966 篇; sensory=14; tier=direct_experimental |
+
+**解讀:** 神經元 Na⁺ channel。SCN2A 突變致 epileptic encephalopathy。Usher tissue enrichment 最高（2.97），暗示在感覺神經元中特異性高表達。
+
+---
+
+### #20 — VEGFA（Vascular Endothelial Growth Factor A）
+
+| 指標 | 值 |
+|------|------|
+| Composite | 0.6722 |
+| Evidence layers | 5/6 (缺 localization) |
+| gnomAD | LOEUF=0.615 (norm=0.951) |
+| Expression | GTEx cerebellum=39.4 TPM; enrichment=0.80; norm=0.473 |
+| Literature | 26,240 篇; cilia=55, sensory=**2,550**; tier=direct_experimental |
+
+**解讀:** 血管生成核心因子。2,550 篇感覺文獻（因為眼科血管新生是 VEGF 研究主題之一）。排名偏高因 annotation (0.968) + literature (0.942) 極高。與 ciliopathy 的直接連結較弱。

 ---

 ## 優先級總結

-### 最高優先 — 直接纖毛/感覺證據
+### 最高優先 — 直接纖毛/感覺機制

 | 基因 | Layers | 核心理由 |
 |------|--------|---------|
-| **ARL3** ⭐ | 6/6 | 已確認纖毛信號蛋白。52% 文獻為纖毛相關。Centrosome 定位。調控 ciliary cargo transport。 |
-| **PAFAH1B1** (LIS1) ⭐ | 6/6 | Dynein transport 核心。極度 LoF intolerant (LOEUF=0.10)。Centrosome 定位。IFT 核心。 |
+| **ARL3** ⭐ | 6/6 | 已確認纖毛信號蛋白。52% 文獻為纖毛相關。Centrosome 定位。Ciliary cargo transport。 |
+| **PAFAH1B1** ⭐ | 6/6 | Dynein transport 核心。極度 LoF intolerant (LOEUF=0.10)。Centrosome 定位。 |
 | **DYNC1H1** ⭐ | 6/6 | Dynein 重鏈。極度 LoF intolerant (LOEUF=0.12)。Centrosome 定位。纖毛逆行運輸。 |
-| **ATP2B2** ⭐ | 5/6 | Atp2b2 突變小鼠失聰。stereocilia Ca²⁺ pump。極度 constrained (LOEUF=0.19)。Enrichment=2.92。 |
-| **HDAC6** ⭐ | 5/6 | 已知 ciliogenesis 調控因子。119 篇纖毛文獻。Centrosome 定位。 |
+| **ATP2B2** ⭐ | 5/6 | Atp2b2 突變小鼠失聰。stereocilia Ca²⁺ pump。極度 constrained。Enrichment=2.92。 |
+| **HDAC6** ⭐ | 5/6 | 已知 ciliogenesis 調控因子。119 篇纖毛文獻。Centrosome 定位。治療靶點。 |

-### 高優先 — 強多層證據
+### 高優先 — 強多層證據 + 感覺系統角色

 | 基因 | Layers | 核心理由 |
 |------|--------|---------|
-| **DLG4** (PSD-95) | 5/6 | 感覺突觸核心支架。極度 LoF intolerant (LOEUF=0.17)。cerebellum 225 TPM。 |
-| **SMAD4** | 6/6 | TGF-β/BMP 核心。Hair cell 分化和 Hedgehog signaling。Centrosome 定位。 |
-| **CRMP1** | 6/6 | Under-studied centrosome 蛋白。Usher tissue enrichment=2.43。6/6 全層。 |
-| **LRP6** | 4/6 | Wnt/PCP co-receptor。高度 constrained。Polarity 是 stereocilia bundle 排列關鍵。 |
-| **DLG5** | 4/6 | Cell junction + polarity。PCP 信號對毛細胞至關重要。 |
-| **CETN2** | 4/6 | 纖毛/感覺文獻比例 15.5%。Centrosome 定位。同家族 CETN3 已有 ciliopathy 報導。 |
+| **DLG4** ⭐ | 5/6 | 感覺突觸核心支架。極度 LoF intolerant。cerebellum 225 TPM。 |
+| **SMAD4** ⭐ | 6/6 | TGF-β/BMP 核心。Hair cell 分化和 Hedgehog signaling。Centrosome 定位。 |
+| **CRMP1** ⭐ | 6/6 | Under-studied centrosome 蛋白。Usher tissue enrichment=2.43。微管組裝。 |
+| **MAPRE3** | 5/6 | 微管 plus-end tracker。極度 LoF intolerant。Under-studied (81 篇)。 |
+| **ATP1A3** | 5/6 | Na⁺/K⁺ pump。部分患者有聽力損失。Stria vascularis 表達。 |

 ### 中優先 — 間接但有潛力

 | 基因 | Layers | 核心理由 |
 |------|--------|---------|
-| **ATP1A3** | 5/6 | Na⁺/K⁺ pump。部分患者有聽力損失。Stria vascularis 表達。 |
 | **FGFR1** | 5/6 | FGF 信號調控 hair cell 分化。132 篇感覺文獻。 |
-| **DLL1** | 4/6 | Notch ligand。Inner ear lateral inhibition 關鍵。 |
 | **GRIA2** | 5/6 | AMPA receptor。Hair cell glutamatergic transmission。 |
 | **VAMP2** | 5/6 | SNARE 蛋白。Ribbon synapse exocytosis。cerebellum 500 TPM。 |
+| **ATP1B1 / ATP1A1** | 5/6 | Na⁺/K⁺ pump 系統。Endolymph K⁺ homeostasis。 |

-### 陽性對照（驗證 pipeline 有效）
+### 陽性對照

-| 基因 | 已知疾病 | Rank (≥4 layers) |
-|------|---------|-----------------|
-| **PKD1** | Autosomal dominant polycystic kidney disease | #14 |
-| **SDCCAG8** | Nephronophthisis-related ciliopathy, Bardet-Biedl | #18 (score=0.6753) |
-
---
-
-## 與上一版比較（v2 → v3）
-
-| 變更 | 影響 |
-|------|------|
-| gnomAD coverage 78.5% → 93.8% | +3,471 genes 獲得 gnomAD constraint 數據 |
-| gene_symbol fallback 修正 | 許多有 NCBI numeric ID 的基因現在有 Ensembl mapping |
-| HIGH tier 18 → 82 | 更多基因達到 score ≥ 0.7 + evidence ≥ 3 |
-| **新進 top 20** | ARL3、HDAC6 首次進入——兩者都是已確認的纖毛相關蛋白 |
-| 3-layer inflation 更明顯 | gnomAD 廣泛覆蓋後，gnomAD+annot+lit 三層組合更常見 |
+| 基因 | Rank | 已知疾病 |
+|------|------|---------|
+| **PKD1** | #9 | ADPKD (242 篇纖毛文獻) |

 ---

 ## 建議下一步

-1. **ARL3**: 調查 ARL3 突變小鼠是否有聽力/視力表型；檢查 ARL3 在 photoreceptor connecting cilium 的 proteomics 數據
-2. **ATP2B2**: 查詢 Usher 患者 cohort 中的 ATP2B2 variants；小鼠 deafwaddler 模型的視網膜表型
-3. **HDAC6**: 評估 HDAC6 inhibitor 對 Usher 相關 ciliopathy 模型的治療潛力
+1. **ARL3**: 調查 ARL3 突變小鼠是否有聽力/視力表型；檢查 photoreceptor connecting cilium proteomics
+2. **ATP2B2**: 查詢 Usher 患者 cohort 中 ATP2B2 variants；deafwaddler 模型是否有視網膜表型
+3. **HDAC6**: 評估 HDAC6 抑制劑對 Usher ciliopathy 模型的治療潛力
 4. **PAFAH1B1 / DYNC1H1**: 調查 lissencephaly 患者是否有亞臨床聽力/視力退化
-5. **計分改進**: 考慮對 3-layer-only 基因施加 penalty（如要求至少 1 個非 annotation/literature 層），以減少膨脹效應
-6. 補齊 **CellxGene** 單細胞數據（photoreceptor + hair cell 表達），可大幅提升 retina/inner ear 特異性判斷
+5. **MAPRE3**: 極度 under-studied (81 篇) + 極度 LoF intolerant — 值得在 inner ear organoid 中驗證
+6. 補齊 **CellxGene** 單細胞數據以提升 retina/inner ear 組織特異性判斷